一、拟研究或解决的问题1. 运用qPCR和FISH鉴定lncRNA E130307A14RiK的核质分布。
2. 根据lncRNA的序列、定位和蛋白质结合序列,使用软件LncBase和StarBase预测靶标并进行分析。
3. 对lncRNA E130307A14RiK, Traf3ip2-as,miR-1385p关系进行分析研究,并探明三者对糖尿病治疗的作用。
二、采用的研究手段探索未知的lncRNA,研究思路可采用以下方法:通过数据库了解lncRNA的染色质位点并确定二级结构,再对蛋白质结合位进行确定,通过lncRNA的过表达和敲减观察临近基因的转录水平是否改变。
若lncRNA临近基因转录改变,则采用polyA信号序列插入来判断原因:若基因表达有差异,可以考虑是因为lncRNA的转录或者剪接体导致;若无差异变化,则可考虑为lncRNA上有DNA调控原件。
若lncRNA临近的基因转录无改变,则对lncRNA进行细胞内定位,再结合序列预测靶基因(图1)。
对于lncRNA E130307A14RiK,通过在NCBI上查找确定其所在位置(图2)。
通过qPCR和FISH来确定该lncRNA的核质分布从而研究分子机制。
使用实时荧光定量PCR (Quantitative Real-time qPCR)是一种在DNA扩增反应中,以荧光化学物质测每次聚合酶链式反应(PCR)循环后产物总量的方法。
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